Регистрировать программу ЭВМ лучше на физлицо или на юрлицо

Как лучше: зарегистрировать программу ЭВМ на себя (автора) или на свою организацию? Планируется продавать лицензии на эту программу.

С точки зрения порядка регистрации, наверное, нет разницы. Различие может быть по налогам с доходов от использования программы, смотря какой режим налогообложения у автора и у его организации. Если программа будет оформлена на автора, и лицензионный договор заключит он, то, возможно, автору придется зарегистрироваться как ИП, если он еще не предприниматель, так как он будет регулярно получать доход по лицензионному договору.

А можно ли сделать правообладателем юридическое лицо, а авторов скрыть ( с их согласия естественно ) ?

В официальной форме заявления на регистрацию программы для ЭВМ на этот счет есть галочка: "не указывать меня как автора". То есть ответ на Ваш вопрос - да. Но это не значит, что авторы теряют свои авторские права.

А можно сделать чтоб авторы были указаны только в свидетельстве, а в официальной бюллетене Роспатента нет?

Можно наоборот)

А код при регистрации программы для ЭВМ проверяется вообще в гос. органе???

Естественно проверяют, но поверхностно.

Подскажите, пожалуйста. Я являюсь автором программы, а мой начальник правообладателем. Уже как 5 лет он мои труды не использует, да и не использовал. Могу ли я стать правообладателем и как?

"исключительное право на программу для ЭВМ, созданную работником в рамках исполнения трудовых обязанностей, принадлежит работодателю, если договором не предусмотрено иное. Однако служебное задание на создание произведения может быть дано только в пределах трудовой функции работника"